Дейността на НСОРБ в периода между заседанията на Общото събрание се ръководи от Управителен съвет. Той се състои от 23-ма членове, които се избират с тайно гласуване от Общото събрание за срок от 4 години.
Съставът на Управителния съвет се формира на регионален принцип, в съответствие с районите за планиране, определени със Закона за регионалното развитие. Всеки 12 общини имат по един представител в Управителния съвет. Свой представител в УС на НСОРБ има и Столична община. Начинът за номиниране на членове на УС се определя в Правилник за устройството и дейността на НСОРБ.
За активна работа и принос към местното самоуправление в състава на Управителния съвет могат да бъдат избирани и почетни членове. Те участват в заседанията с право на съвещателен глас. Общото събрание избира председателя на УС и неговите заместници.
Управителният съвет:
- свиква Общото събрание;
- организира изпълнението на решенията на Общото събрание;
- взема решение за прекратяване на членство, в случаи на системно нарушаване на Устава или при извършване на действия, увреждащи доброто име и престижа на НСОРБ;
- взема решения за създаване и закриване на постоянни комисии и определя техния състав на основата на доброволно заявено участие от членовете;
- взема решения за създаване на временни комисии и определя техните задачи;
- взема решения за създаване и закриване на научни, консултантски, издателски и стопански звена, които да подпомагат дейността и да съдействат за изпълнение на задачите на Сдружението;
- взема решение за откриване и закриване на клонове на Сдружението;
- взема решение за участие в търговски дружества и в други неправителствени организации;
- определя представителите на НСОРБ в междуведомствени органи, одобрява състава на контактните групи с държавните институции и състава на национални делегации на общините в органите на Съвета на Европа и на Европейския съюз.
- присъжда отличия на НСОРБ в съответствие с приетите правила;
- приема Правилник за устройството и дейността на Сдружението, определя реда и организира извършването на дейността на НСОРБ;
- избира чрез конкурс и освобождава изпълнителния директор и определя възнаграждението му;
- определя структурата на административния персонал на Сдружението, по предложение на изпълнителния директор;
- взема решения за придобиване и разпореждане с имуществото на Сдружението и определя пълномощията на изпълнителния директор в тази област;
- обсъжда изготвения от изпълнителния директор проект на бюджет и го внася за разглеждане и утвърждаване от Общото събрание;
- изготвя годишен отчет за дейността на НСОРБ и след приемането му от Общото събрание, го публикува.
Членовете на УС определят неговата вътрешна структура и разпределението на функциите помежду си. Заседанията на УС се провеждат най-малко веднъж на три месеца. Решенията на Управителния съвет се взимат с явно гласуване при определеното в Устава мнозинство.